宁夏医药研究所在深入挖掘和系统整理宁夏特色中医药传统理论的基础上，致力于寻找和研究防治严重危害人民健康的常见病、多发病及疑难疾病的药物，坚持以创制具有自主知识产权的新药为重点，采用现代医药学理论和高新技术开展多学科综合性研究，旨在走出具有中国特色的新药创制之路。研究所主要研究方向包括“宁夏特色中医药基础理论研究”、“中药制剂关键技术研究与健康产品开发”。主要从事治疗心脑血管病、糖尿病和癌症等宁夏特色中药方剂的研究与开发、药物新剂型与新技术研究、中药资源优化与开发和大健康品的研发。目前研究所已经与国内多所知名高等院校和科研院所建立了长期的合作关系，与区内外多家医药企业建立了中医药产品研发的产、学、研联盟，正在为加速宁夏回族自治区医药健康事业的发展作出自己的贡献。