行政机构：

学院办公室

教学工作办公室

科研工作办公室

研究生工作办公室

学生工作办公室

教学机构：

药理学与毒理学系

药剂学系

药物分析学系

中药学系

药物化学系

临床药学系

微生物与生化药学系

科研机构：

宁夏特色中医药现代化工程技术研究中心

宁夏医药研究所

宁夏特色中医药协同创新中心

国家食品药品监督管理局药物I期临床试验研究室

宁夏六盘山药用资源开发与利用院士工作站

教辅机构：

药学实验教学中心

党群部门：

药学院党委

药学院团委

药学院党校

药学院分工会